| Program | Anabilim Dalı |
| Temel İslam Bilimleri Tezli Yüksek Lisans Programı | Temel İslam Bilimleri |
| Felsefe ve Din Bilimleri Tezli Yüksek Lisans Programı (Türkçe) | Felsefe ve Din Bilimleri |
| İslam Ekonomisi ve Finansı Tezli Yüksek Lisans Programı (İngilizce) | İslam Ekonomisi ve Finansı (Disiplinlerarası) |